Villongo sta nella Valcalepio, a circa 220 metri, alle spalle di Sarnico, con cui confina. È attraversato dal torrente Uria ed è fatto di due quartieri, San Filastro e Sant’Alessandro, ciascuno con la sua parrocchia: sono stati comuni separati fino al 1927. Tutto il territorio comunale rientra nella zona del vino Valcalepio DOC.

Il Seicento si legge nei palazzi. Il municipio è una residenza nobiliare dei primi anni del secolo, villa estiva di famiglie bergamasche: il portale bugnato porta la data 1619. Lungo via Roma, la strada che univa le due parrocchie, c’è Palazzo Passi, il più antico e meglio conservato del paese, con lo scalone decorato da artisti della scuola del Barbelli; dal 1943 fu la dimora estiva del vescovo di Bergamo Adriano Bernareggi.

Fuori dal centro, su una piccola altura, trovi la chiesa romanica di Sant’Alessandro in Agros: ci si arriva per una strada in parte sterrata, tra i cipressi. Dentro, archi a sesto acuto su pilastri di pietra bassi e tozzi dividono la navata, e i restauri hanno riportato alla luce affreschi del Quattrocento. Da Villongo parte anche la provinciale che risale la Val d’Adrara verso i Colli di San Fermo.